Im Märkischen Kreis gibt es derzeit 132 Naturschutzgebiete mit einer Gesamtfläche von ca. 3.703 ha, bzw. 3,50% der Kreisfläche (Stand: 31.12.2016). Hier werden seltene und gefährdete Biotoptypen mir ihren charakteristischen Tier- und Pflanzengemeinschaften geschützt und für die Nachwelt erhalten. In den Kalkgebieten des nördlichen Kreises sind hier stellvertretend die Schluchten des Hönnetales, die bizarren Felsbildungen des Felsenmeeres, die Kalkhalbtrockenrasen und orchideenreichen Buchenwälder im Iserlohner Raum zu nennen. Im niederschlagsreichen Südkreis sind eine Vielzahl von Hangquellmooren, Moorbirken-, Erlenbruch- und Hainsimsen-Buchenwäldern sowie durch artenreiches Naßgrünland geprägte Wiesentäler als Naturschutzgebiet ausgewiesen. Daneben genießen zahlreiche Wacholderheiden und Borstgrasrasen als Zeugen kulturhistorischer Landnutzungsformen im Kreisgebiet diesen Schutzstatus.

Naturschutzgebiete werden im Rahmen der  Landschaftsplanung oder über Schutzgebietsverordnungen ausgewiesen. Für die fachliche Betreuung dieser Gebiete ist gemäß Landesnaturschutzgesetz NRW die Untere Naturschutzbehörde zuständig.

Die gebietspezifischen Schutzziele, Pflege- und Entwicklungsmaßnahmen werden in enger Kooperation mit den jeweiligen Grundeigentümern, Land- und Forstwirten sowie über den Vertragsnaturschutz umgesetzt.